Forschung
AG Tumorgenetik
Das Spektrum der Arbeitsgruppe Tumorgenetik umfasst zum einen translationale Aspekte bei hämatologischen Neoplasien und zum anderen den Bereich erbliche Tumorerkrankungen mit dem traditionellen Schwerpunkt der gastrointestinalen Tumorerkrankungen, insbesondere dem Lynch-Syndrom.
Hämatologische Neoplasien
Hämatologische Neoplasien wie die akute myeloische Leukämie (AML) und die myelodysplastische Neoplasie (MDS) werden heute hauptsächlich durch zyto- und molekulargenetische Merkmale klassifiziert. Unsere Arbeitsgruppe beschäftigt sich mit der Verfeinerung dieser prognose- und therapierelevanten Klassifikationen durch die Suche nach neuen rekurrenten Aberrationen. Hierzu wird neben klassischen Sequenzierungstechniken das Optical Genome Mapping (OGM) als genomweites zytogenetisches Verfahren eingesetzt. Zusätzlich zu nachweislichen Verbesserungen in der Diagnostik von AML und MDS, konnten hierdurch bereits einige neue genetische Varianten entdeckt werden. Neben dem Ausbau des aktuellen Patientenkollektivs (Kooperationspartner: Prof. R. Schroers, Universitätsklinikum Knappschaftskrankenhaus Bochum), werden diese neuen Veränderungen aktuell in vitro funktionell charakterisiert im Hinblick Wachstumseigenschaften und mögliche Resistenzmechanismen (Kooperationspartner: Prof. Stephan Hahn, MGO, RUB). Ziel der Forschung ist es, einen Beitrag zu einer individualisierten Medizin für Patientin mit hämatologischen Neoplasien zu leisten.
Erbliche Tumorerkrankungen
Die Humangenetik der Ruhr-Universität Bochum ist seit 1999 Teil des Bochumer Standorts des Deutschen Konsortium Familiärer Darmkrebs (www.hnpcc.de). Patienten aus der klinisch-genetischen Sprechstunde mit entsprechender Prädisposition für den Hereditären Nicht-Polypösen Dickdarmkrebs (HNPCC-/Lynch-Syndrom) erhalten das Angebot, in die Registerstudie des Konsortiums eingeschlossen zu werden. Im Rahmen der Versorgungsforschung wurden in der Vergangenheit einzelne Projekte im Hinblick auf Vorsorgeuntersuchungen und diagnostische Algorithmen angestoßen und es gibt eine Vielzahl an nationalen und internationalen Studien, an denen sich die Arbeitsgruppe beteiligt (siehe: https://cadly2.org).
Zusätzlich suchen wir in Kooperation mit Kollegen der Universität Tübingen (Dr. C. Schroeder) aktuell in einem von der Deutschen Krebshilfe geförderten, explorativen Projekt nach neuen genetischen Varianten bei Dickdarmkrebs-Patienten mit familiärer Häufung von Tumorerkrankungen, jedoch ohne Hinweise für ein Lynch-Syndrom im Tumorgewebe (Amsterdam positiv, MSS).
Literatur:
- Tembrink M, Gerding WM, Wieczorek S, Mika T, Schroers R, Nguyen HP et al. Novel NUP98::ASH1L Gene Fusion in Acute Myeloid Leukemia Detected by Optical Genome Mapping. Cancers (Basel) 2023; 15. doi:10.3390/cancers15112942.
- Nilius-Eliliwi V, Gerding WM, Schroers R, Nguyen HP, Vangala DB. Optical Genome Mapping for Cytogenetic Diagnostics in AML. Cancers (Basel) 2023; 15: 1684.
- Vangala DB, Nilius-Eliliwi V, Gerding WM, Schroers R, Nguyen HP. Optical Genome Mapping in MDS and AML as tool for structural variant profiling-comment and data update on Yang et al.: 'High-resolution structural variant profiling of myelodysplastic syndromes by optical genome mapping uncovers cryptic aberrations of prognostic and therapeutic significance'. Leukemia 2022. doi:10.1038/s41375-022-01763-2.
- Nilius-Eliliwi V, Tembrink M, Gerding WM, Lubieniecki KP, Lubieniecka JM, Kankel S et al. Broad genomic workup including optical genome mapping uncovers a DDX3X: MLLT10 gene fusion in acute myeloid leukemia. Front Oncol 2022; 12. doi:10.3389/fonc.2022.959243.
- Vangala DB, Ladigan-Badura S, Engel C, Hüneburg R, Perne C, Bucksch K et al. Early detection of duodenal cancer by upper gastrointestinal-endoscopy in Lynch syndrome. Int J Cancer 2021; 149: 2052–2062.
- Gerding WM, Tembrink M, Nilius-Eliliwi V, Mika T, Dimopoulos F, Ladigan-Badura S et al. Optical genome mapping reveals additional prognostic information compared to conventional cytogenetics in AML/MDS patients. Int J Cancer 2022; 384: 924–935.
- Vangala D, Ladigan S, Liffers ST, Noseir S, Maghnouj A, Götze T-M et al. Secondary resistance to anti-EGFR therapy by transcriptional reprogramming in patient-derived colorectal cancer models. Genome Med 2021; 13: 116.
- Engel C, Ahadova A, Seppälä TT, Aretz S, Bigirwamungu-Bargeman M, Bläker H et al. Associations of Pathogenic Variants in MLH1, MSH2, and MSH6 With Risk of Colorectal Adenomas and Tumors and With Somatic Mutations in Patients With Lynch Syndrome. Gastroenterology 2020; 158: 1326–1333